左宗棠得到捷报，十分高兴，新疆是肥腴之地，不可轻弃，这就是最好证明。于是他将刘锦棠的南疆见闻上奏朝廷，慈禧看了也是十分高兴，感慨道：“当初有人说新疆是数千里之荒地，真是大谬不然。”
左宗棠又复信给刘锦棠，让他一定要做好善后，在各城设赈局，督促百姓耕种放牧。随后还要修筑道路，添造船只，修设驿站，便利军民客商。
西征军紧紧追敌不放，一路上敌军虽数次摆阵接仗，但都是一触即溃，官军越战越勇，敌军胆气日寒。官军每到一城，都受到当地百姓的热烈欢迎。而阿古柏三子再施诱骗胁迫的伎俩已不管用，阿克苏等城民众已关闭城门，不许他进城，原先附敌的清军及地方武装也纷纷倒戈。这样到十一月中旬，官军就收复了喀什噶尔，继而又收复叶尔羌、英吉沙尔、和田。至此，南疆全境收复，阿古柏的三子仅率少数亲信逃到了俄国境内。
沦陷十三年之久，面积一百六十余万平方公里的新疆，除了伊犁外，大部被收复了。这样大的战役，从光绪二年六月初一到九月二十一日，收复北疆历时不到四个月；从光绪三年三月初一日到十三日，收复南疆门户，历时不到半个月；从七月十七日到十月二十九日，收复南疆，也只用了四个多月。在中国几千年的历史上，从敌军手中收复沦丧十几年的大片国土，用兵如此神速，史所罕见。